Er ermöglicht den komfortablen Zugriff auf System- und Programmeinstellungen, die größtenteils nicht ohne Hilfsprogramme erreichbar sind. Der WinExpert.NET ist in die Hauptanwendung und die Plugins mit den eigentlichen Einstellungen unterteilt. Viele Assistenten vereinfachen die Bedienung. Die Assistenten zum Speichern und Verwerfen von Änderungen, der in dieser Kategorie einmalige Undo Assistent zum Wiederherstellen früherer Einstellungen, der Import Assistent für das Einlesen von Dateien mit Einstellungen, die früher oder auf einem anderen Computer mit dem WinExpert.NET erstellt wurden und der Export Assistent zum Erstellen dieser Dateien (Tuningsets). Ein Passwortschutz verhindert die unberechtigte Ausführung des WinExpert.NET. Die Hauptanwendung wird mit einem Grundsatz von Plugins ausgeliefert, die verschiedene Einstellungen für das Anpassen der Oberfläche, Bedienung und Sicherheit Ihres Systems anbieten. Viele Sicherheitseinstellungen lassen sich so konfigurieren, dass eine umfangreiche Spionageabwehr erreicht wird. Ebenso lassen sich Updatefunktionen und Fehlerberichte abstellen, die Daten über das Internet versenden. Zusätzlich lassen sich unterschiedliche Programme konfigurieren, die auf Ihrem System installiert sind. Dadurch lassen sich ebenfalls Sicherheitslücken in z. B. Microsoft Office, Microsoft Internet-Explorer, Outlook, Windows Media Player usw. beheben. Alle getätigten Einstellungen lassen sich bequem speichern und jederzeit wieder neu verwenden. Dadurch muss der Konfigurationsvorgang nicht jedes Mal neu durchgeführt werden. Gespeicherte Einstellungen lassen sich auch auf andere Computer anwenden, dadurch wird die Konfiguration weiterer Systeme sehr beschleunigt. WinExpert.NET benötigt das kostenlose Microsoft .NET Framework 1.1. Das Setup des WinExpert.NET prüft, ob das Framework installiert ist; Sie brauchen also keine Prüfung durchführen.